Après une formation aux Ateliers d’Antoine Vitez au Théâtre des Quartiers d’Ivry puis à l’Ecole Internationale Jacques Lecoq à Paris, il intègre la compagnie Philippe Genty avec laquelle il tourne en France et à l’étranger durant 10 ans.
Il est également comédien au Théâtre de la Jaquerie, au Théâtre de la Sébille, au Théâtre Ecarlate, au Théâtre du Rond Point, chez Jean-Louis Barrault, ainsi qu’avec Maurice Bénichou et Yano Hideyuki jusqu’en 1986, date à laquelle il crée la compagnie Nada Théâtre avec Babette Masson.
De nombreuses créations jalonnent la vie de la compagnie : Grandir et Effraction, coréalisée avec le Théâtre Ecarlate de 1986 à 1989, Ubu en 1990, Hänsel et Gretel en 1992, Capitaine Bada en 1992, Marie Stuart en 1996. A partir de 1997, la compagnie implantée au Centre Culturel Boris Vian (les Ulis) en prend la direction et mène de pair programmation et animation d’un lieu artistique avec les productions de la compagnie. La compagnie a ces dernières années largement développé des projets thématiques d’envergure mêlant recherche théâtrale et écriture contemporaine, avec la production de petites formes, des installations et des spectacles dont Promenade avec Ailes, au Jardin des Plantes à Paris en 2002. Jean-Louis Heckel est responsable pédagogique de l’Ecole Supérieure des Arts de la Marionnette (ESNAM) depuis 2004, auparavant il avait mis en scène à deux reprises des jeunes professionnels issus de l’école. Des réalisations comme Ulysse d’après Homère, Labyrinthe de Philippe Minyana, ainsi que des réalisations avec le Royal De Luxe, les auteurs de la Chartreuse de Villeneuve les Avignon.

En septembre 2006, il s’installe à Pantin dans un lieu de fabrique qu’il baptise La Nef – Manufacture d’utopies et crée une compagnie du nom de La Nef en janvier 2007, dans le but de lier étroitement les arts de la marionnette et l’écriture contemporaine.